Evangelion: 3.0+1.01 Thrice Upon a Time, film diretto da Mahiro Maeda, Katsuichi Nakayama, Kazuya Tsurumaki e Hideaki Anno, è ambientato quindici anni dopo la terribile catastrofe del Third Impact, che ha distrutto diverse città del mondo. Tra queste c'è Tokyo-3, ricostruita dopo il tragico evento e divenuta la città-fortezza del Giappone. Asuka Shikinami Langley, Rei Ayanami e Shinji Ikari sono completamente scoraggiati e, dopo aver attraversato la periferia della città, giungono in un insediamento di sopravvissuti, un simbolo di speranza per tutti loro. Qui incontrano, ormai cresciuti, Toji Suzuhara, che fa il medico, Hikari Horaki, sposata con Toji, e Kensuke Aida, che lavora come tecnico. Dopo questo incontro, Shinji ritrova un po' di voglia di vivere, ma una nuova missione e un nuovo scontro aspetta lui e Asuka...