La storia di Ruka, liceale ribelle, che viene esclusa dall’attività del club per l’intera durata delle vacanze scolastiche; fortemente annoiata, la ragazza decide di visitare il padre all’acquario dove lavora. Qui farà uno strano incontro con Umi (mare) un ragazzo straniero che sembra cresciuto fra strani e straordinari segreti. Affascinata dal suo modo di nuotare, che lo fa sembrare un uccello in volo, Ruka si trova, suo malgrado, a far parte di un complesso ingranaggio più grande di lei. Nel contempo, tutto il mondo è sconvolto da un’anomalia mai vista prima: tutti i pesci stanno scomparendo.